Разделение на две базы по организациям без программирования

Сначала пометить на удаление организацию.

Далее удалить связанные с организацией данные:

1. Удалить документы по организации «Операции — Бухгалтерский учет — Журнал операций»
2. Удалить кадровые документы по организации. «Зарплата и кадры — Кадры — Кадровые документы»
3. Удалить банковские счета, отобрав счета по организации. Ссылка: e1cib/list/Справочник.БанковскиеСчета
4. Удалить договора по организации. Ссылка: e1cib/list/Справочник.ДоговорыКонтрагентов
5. Удалить сотрудников по организации. Ссылка: e1cib/list/Справочник.Сотрудники

Чтобы отобрать счета по организации нажать Еще — настройки списка, там в отборе по по владелец отобрать по удаляемой организации.

После этого выполнить удаление помеченных объектов, если останутся связанные с организацией объекты, они будут показаны в окне ссылок на организацию, выбрать их удаление в гиперссылке «Выбрать действие»:

Если это регистр сведений, то можно прямо из правой части открывать его и удалять запись.

Если однотипных объектов много, то лучше пометить их на удаление в их списке (журнале) и повторить контроль удаления организации.