Обновлятор может «кушать» CFU
Как я раньше жил без этого не знаю:

Оказывается, для того чтобы он воспринимал CFU в свойствах базы должна стоять галочка «Искать обновления на компьютере вторым способом»:

Тогда он индексирует файлы CFU, рядом с каждым создает одноименный файл с расширением updater1C. И может находить обновления быстро.
Подробнее в официальной документации.

Оказывается, если читать документацию, то многое станет интереснее
Я этим редко занимаюсь. Некогда.